發酵的目的是使廢棄物中的揮發性物質降低，臭氣減少，殺滅寄生蟲卵和病原微生物，達到無害化的目的。同時使有機物料的性質變得疏松、分散，礦化釋放N、P、K等養分，便于儲存和使用。

     堆肥發酵工藝流程一般包括發酵、翻堆、曝氣等環節。堆肥發酵過程中，通過翻拋、曝氣等強制供氧方式，在發酵堆肥體內形成好氧發酵環境。氧的供給情況和發酵車間保溫程度對堆肥的溫度上升有很大影響。可根據堆肥肥料的溫度、水分、氧含量等參數的變化及時進行工藝控制，使堆肥溫度可以上升至60～70℃.堆肥周期一般為15～20天，經過一個周期的堆肥，發酵后的含水率大幅度降低（一般小于40%）。